Unterschied zwischen Contig und Gerüst

Der Schlüsselunterschied Zwischen Contig und Gerüst ist das Ein Contig hat keine Lücken, während ein Gerüst aus Contigs und Lücken besteht.

Die Genomsequenzierung mehrzellulärer Organismen ist im Vergleich zur Sequenzierung von einzelligen Organismen sehr schwierig. Die Schrotflinten-Sequenzierung des gesamten Genoms ist eine einfache und schnelle Genomsequenzierungstechnik für mehrzellige Genome. Es ist eine Methode, die viele überlappende DNA -Fragmente parallel sequenzen. Bei dieser Methode werden kleine Fragmente in größeren Fragmenten und dann in größere Contigs mit einem Computer zusammengesetzt. Dann werden die Contigs in Gerüste und schließlich in ein Chromosom zusammengesetzt. Daher ist Contig eine kontinuierliche Strecke von Nucleotidsequenzen, während Gerüst ein Teil des Genoms ist, das aus Contigs und Lücken besteht. Sowohl Contig als auch Gerüst sind rekonstruierte genomische Sequenzen.

INHALT

1. Überblick und wichtiger Unterschied
2. Was ist Contig 
3. Was ist Gerüst
4. Ähnlichkeiten zwischen Contig und Gerüst
5. Seite an Seite Vergleich - Contig vs Gerüst in tabellarischer Form
6. Zusammenfassung

Was ist Contig?

Contig ist eine genomische Sequenz. Es ist ein kontinuierlicher Abschnitt von Sequenzen, die aus A-, C-, G- und T -Basen bestehen,. Es wird gebildet, indem mehrere kleine überlappende DNA -Teile in eine längere Sequenz zusammengestellt werden. In einfachen Worten ist Contig eine Anordnung einer Reihe von Sequenzfragmenten. Die Erstellung von Contig beinhaltet die Identifizierung überlappender Sequenzfragmente basierend auf lokalen String -Matching- und Ausrichtungsmethoden, die überlappende Enden der Sequenzen identifizieren.

Contigs haben keine Lücken. Es ist Teil eines Gerüsts. Contigs werden beim Erstellen eines Gerüsts miteinander verkettet. Es sind zusätzliche Informationen über die relative Position und Ausrichtung der Contigs im Genom erforderlich. Die Lücken trennen Contigs in einem Gerüst. Grundsätzlich ist die Contig-Montage ein wichtiger Schritt in der Schrotflintensequenzierung des gesamten Genoms. Contigs werden schließlich zu einer vollständigen genomischen Sequenz zusammengesetzt. Die Contig -Assembly erfordert typischerweise das Verständnis von Algorithmen in der String Matching und der Sequenzausrichtung.

Was ist ein Gerüst?

Ein Gerüst ist eine rekonstruierte genomische Sequenz aus mit Endsequenzierung von Schrotflintenklonen im gesamten Genom. Strukturell besteht ein Gerüst aus Contigs und Lücken. Daher werden Gerüste erzeugt, indem Contigs miteinander verkettet und durch Lücken getrennt werden. Die Erstellung von Gerüsten benötigt Informationen über die relative Position und Ausrichtung der Contigs im Genom. Die Schrotflintenanordnung des gesamten Genoms zielt darauf ab, jede genomische Sequenz in einem Gerüst darzustellen. Aber es ist nicht ganz möglich. Daher kann ein Chromosom durch mehrere Gerüste dargestellt werden. Manchmal können Gerüste überlappen. Darüber hinaus können einige Gerüste während der Baugruppe herausgefiltert werden.

Abbildung 02: Übersicht über die Schrotflintenbaugruppe des gesamten Genoms

Die Länge einer Gerüstlücke zeigt nicht ihre wahre Länge. Im Allgemeinen werden Lücken willkürlich auf bestimmte feste Längen eingestellt. Diese Lücken und Unsicherheiten in ihren Längen führen daher zu Problemen beim Verständnis der wahren räumlichen Beziehungen funktioneller Elemente in Genomen und dem tatsächlichen Ausmaß fehlender Informationen. Manchmal repräsentieren Lücken fehlende genomische Informationen.

Was sind die Ähnlichkeiten zwischen Contig und Gerüst?

• Contig und Gerüst sind genomische Sequenzen, die aus Nukleotidsequenzen bestehen.
• Gerüste bestehen aus Contigs und Lücken.

Was ist der Unterschied zwischen Contig und Gerüst?

Ein Contig ist eine kontinuierliche Sequenz, die aus einem Satz von Sequenzfragmenten zusammengestellt wurde. Im Gegensatz dazu ist ein Gerüst ein Teil der genomischen Sequenz, die durch Zusammenketten von Contigs rekonstruiert wird. Dies ist also der Hauptunterschied zwischen Contig und Gerüst. Darüber hinaus haben Contigs keine Lücken, während Contigs in einem Gerüst durch Lücken getrennt werden.

Nachfolgend Infografik Tabuliert mehr Unterschiede zwischen Contig und Gerüst.

Zusammenfassung -Contig gegen Gerüst

Sowohl Contig als auch Gerüst sind rekonstruierte Nukleotidsequenzen in Sequenzierungsprojekten des gesamten Genoms. Contig ist ein kontinuierlicher Abschnitt der genomischen Sequenz, die A-, C-, G- und T -Basen ohne Lücken enthält. Das Gerüst ist eine genomische Sequenz besteht aus Contigs und Lücken. Daher sind kürzeste Baugruppenkomponenten Contigs, während die Gerüste Ansammlungen von Contigs sind. Schließlich werden die Gerüste in Chromosomen in der Sequenzierung des gesamten Genoms zusammengesetzt. Dies fasst den Unterschied zwischen Contig und Gerüst zusammen.

Referenz:

1. Adams, Jill u. „Komplexe Genome: Schrotflintensequenzierung.Scable, Nature Education, 2008, hier verfügbar.

Bild mit freundlicher Genehmigung:

1. "Pet Contig -Gerüst" von den Regenten der University of California - (Public Domain) über Commons Wikimedia
2. "WGS Denovo Assembly Übersicht" von Bernardojclavijo - eigene Arbeit (CC BY -SA 3.0) über Commons Wikimedia