Unterschied zwischen zufälligen Primern und Oligo DT

Der Schlüsselunterschied Zwischen zufälligen Primern und Oligo DT ist das Die zufällige Primer ist eine Mischung aller möglichen Hexamer-Oligonukleotidsequenzen, während der Oligo DT.

Reverse Transkription ist ein Mechanismus, bei dem cDNA mit mRNA oder einer Arten von RNA synthetisiert werden kann. Um cDNA zu produzieren, sollten umgekehrte Transkriptase -Enzym und andere erforderliche Komponenten bereitgestellt werden, insbesondere Vorlagen und Primer. Primer sind die kurzen DNA -Sequenzen, die speziell für die Amplifikation der Zielsequenzen entwickelt wurden. Zufällige Primer und Oligo -DT -Primer sind zwei häufige Arten von Primern, die in der umgekehrten Transkription verwendet werden. Daher sind zufällige Primer- oder Oligo -DT -Primer kurze DNA -Oligonukleotidsequenzen, die für die Reverse -Transkriptase erforderlich sind. Abhängig von der RNA -Vorlage kann der geeignete Primer aus diesen beiden Primer -Typen ausgewählt werden.

INHALT

1. Überblick und wichtiger Unterschied
2. Was sind zufällige Primer 
3. Was ist Oligo DT
4. Ähnlichkeiten zwischen zufälligen Primern und Oligo DT
5. Seite für Seitenvergleich - zufällige Primer gegen Oligo DT in tabellarischer Form
6. Zusammenfassung

Was sind zufällige Primer?

Zufällige Primer ist eine Mischung von Oligonukleotiden, die alle möglichen Hexamer -Sequenzen darstellen. Die Primersequenz von Zufallsprimer ist 5 ' - D (nnnnnn) -3' n = g, a, t oder c. Daher können zufällige Primer zur Amplifikation von einzelsträngiger DNA oder RNA durch DNA-Polymerase bzw. Reverse-Transkriptase verwendet werden. Außerdem kann eine zufällige Primermischung alle Regionen der RNA amplifizieren, um cDNA zu erzeugen. Somit erzeugt es verschiedene Längen der cDNA.

Abbildung 01: Zufällige Primer

Am wichtigsten ist, dass die zufällige Primermischung keine Vorlagenspezifität zeigt. Es ist nicht in der Lage, mRNA und andere RNA -Arten zu unterscheiden. Und es temdigt mit jeder Art von RNA in der Probe. Das Zufallsprimergemisch ist jedoch für die umgekehrte Transkription von RNAs ohne Poly (A) -schwänze wie rRNA, tRNA, nicht-codierende RNAs, kleine RNAs, prokaryotische mRNA usw. geeignet., degradierte RNA und RNA mit bekannten Sekundärstrukturen.

Was ist Oligo DT?

Oligo DT -Primer ist eine Strecke von 12 bis 18 Desoxythymin (DT). Die Primersequenz kann als 5'-d (ttt ttt ttt ttt ttttt) -3 dargestellt werden. Es wird für die Produktion von cDNA aus mRNA verwendet, die Poly (a) Schwanz enthalten. Grundsätzlich wirkt es als Primer für die durch reverse Transkriptase katalysierte Reaktion. Während der umgekehrten Transkription tüft der Oligo DT-Primer mit dem polyadenylierten Schwanz am 3'-Ende der meisten eukaryotischen mRNAs an und startet den Prozess.

Abbildung 02: Umkehrtranskription mit Oligo DT -Primer umgekehrt

Im Gegensatz zu zufälliger Primer ist der Oligo -DT -Primer nicht für abgebaute RNA oder RNA geeignet, deren Poly (A) Schwänze, einschließlich prokaryotischer RNA und microRNA, fehlen.

Was sind die Ähnlichkeiten zwischen zufälligen Primern und Oligo DT?

• Zufällige Primer- und Oligo -DT -Primer sind zwei Arten von Primern, die in der umgekehrten Transkription verwendet werden und cDNA herstellen.
• Die Verwendung des zufälligen Primers und Oligo -DT -Primers erhöht die Empfindlichkeit der cDNA -Synthese.
• Sie sind einzelsträngige kurze Nukleotidsequenzen.

Was ist der Unterschied zwischen zufälligen Primern und Oligo DT?

Zufällige Primer ist eine kurze Oligonukleotidsequenz, die aus einer zufälligen Sequenz besteht. Inzwischen ist Oligo DT Primer ein kurzer Strang aus 12 bis 18 Desoxythymidinen. Dies ist also der Schlüsselunterschied zwischen zufälligen Primern und Oligo DT. Die Sequenz des zufälligen Primers beträgt 5 ' - D (nnnnnn) -3' n = g, a, t oder c. Die Sequenz des Oligo-DT-Primers beträgt 5'-d (ttt ttt ttt ttt ttt ttt) -3 '. Daher können wir dies als einen weiteren Unterschied zwischen zufälligen Primern und Oligo DT betrachten.

Darüber hinaus zeigen zufällige Primer keine Vorlagenspezifität und sie trauen mit irgendeiner Art von RNA, während Oligo -DT.

Die folgende Infografik fasst den Unterschied zwischen zufälligen Primern und Oligo DT zusammen.

Zusammenfassung - zufällige Primer gegen Oligo DT

Zufällige Primer- und Oligo -DT -Primer sind zwei Arten von Primern, die in der cDNA -Synthese verwendet werden. Zufällige Primer besteht aus einer Mischung aus Oligonukleotiden, die alle möglichen Hexamer-Sequenzen darstellt, während der Oligo-DT-Primer eine einsträngige Sequenz von 12 bis 18 Desoxythymidinen ist. Dies ist also der Schlüsselunterschied zwischen zufälligen Primern und Oligo DT. Außerdem sind Oligo DT Sekundärstrukturen. Daher zeigt der zufällige Primer keine Vorlagenspezifität, während der Oligo -DT -Primer die Spezifität zu eukaryotischer mRNA zeigt, die Poly (a) Schwanz enthält.

Referenz:

1. „Reverse Transkription Setup: Thermo Fisher Scientific - uns.”Reverse Transkription Setup | Thermo Fisher Scientific - USA, hier verfügbar.

Bild mit freundlicher Genehmigung:

1. "Primer revcompc" von Zephyris - eigener Arbeit (CC BY -SA 3.0) über Commons Wikimedia
2. "RT PCR -Modell" von Lokeshthimmana - eigene Arbeit (CC BY -SA 4.0) über Commons Wikimedia