Was ist der Unterschied zwischen HG19 und HG38

Der Schlüsselunterschied Zwischen HG19 und HG38 ist, dass Hg19 ein menschliches Referenzgenom ist, das 7 Regionen mit alternativen Loci hat, während Hg38 ein menschliches Referenzgenom ist, das 207 Regionen mit alternativen Loci hat.

Referenzgenome spielen eine wichtige Rolle bei der Kartierung von DNA-Sequenzen für phylogenetische und bioinformatische Analysen. Es repräsentiert eine vollständige Reihe von Genen eines Organismus. Mit anderen Worten, es ist eine Darstellung der Genomsequenz eines Organismus. Es gibt verschiedene Referenz -ganze Genome, die frei zur Verfügung stehen, um für die genomische Kartierung verwendet zu werden. Die RefSeq -Datenbank von NCBI ist eine der gemeinsamen Quellen dieser Art von Referenzgenomen. Es umfasst Referenzgenome verschiedener Organismen, einschließlich Prokaryoten, Eukaryoten und Viren. Es gibt zwei Haupttypen der menschlichen Genome der Referenz als HG19 oder GRCH37 und HG38 oder GRCH38. Sie sind menschliche Genomanordnungen, die vom Genom Reference Consortium (GRC) entwickelt wurden.

INHALT

1. Überblick und wichtiger Unterschied
2. Was ist Hg19 
3. Was ist Hg38
4. Ähnlichkeiten -HG19 und HG38
5. HG19 gegen HG38 in tabellarischer Form
6. Zusammenfassung -HG19 gegen HG38

Was ist Hg19?

HG19, auch als Genom Referenzkonsortium Human Build 37 (GRCH37) bekannt, ist ein 2009 vom Genom Referenzkonsortium veröffentlichtes Referenzgenom. Es ist ein haploides Genom mit alternativen Loci. Es gibt 7 Regionen, die die alternativen Loci im HG19 -Referenzgenom darstellen. Das HG19 -Referenzgenom wurde durch Sequenzierung der fertigen Klone entwickelt, die aus dem menschlichen Genomprojekt erhalten wurden. Darüber hinaus wurden PCR -Produkte und Schrotflintensequenzen zum Aufbau des HG19 -Referenzgenoms verwendet.

Die Gesamtsequenzlänge des HG19 -Referenzgenoms beträgt 3.101.788.170 Basispunkte und besteht aus 249 Gerüsten. Darüber hinaus gibt es 271 Lücken zwischen den Gerüsten. Bei der Betrachtung der Anzahl der Klone in den Komponentensequenzen gibt es 27.054 Klone. Das Referenzgenom umfasst eine Gesamtzahl von 24 Chromosomen und Plasmiden.

Was ist Hg38?

HG38, auch als Genom Referenzkonsortium Human Build 38 (GRCH38) bekannt, ist das jüngste menschliche Referenzgenom, das 2017 vom Genom Referenzkonsortium entwickelt wurde. Das Genom wurden mehrere Loci hinzugefügt, und im März 2022 wurde auch ein aktuelles Update veröffentlicht. Es gibt 207 Regionen, die die alternativen Loci darstellen, die gut verbessert sind als die HG19 -Version. Das HG38 -Referenzgenom hat 349 Lücken im Genom. Diese Lücken befinden sich hauptsächlich in den Regionen des Telomers, des Zentromers und zwischen langen sich wiederholenden Sequenzen. PCR -Produkte und Schrotflintensequenzen werden verwendet, um die Lücken bei Bedarf zu füllen.

Abbildung 02: Hg38

Die Gesamtsequenzlänge des HG38 -Referenzgenoms beträgt 3.099.734.149 BPS und besteht aus 473 Gerüsten. Bei der Betrachtung der Anzahl der Klone in den Komponentensequenzen gibt es 35.614 Klone. Das HG38 -Referenzgenom umfasst eine Gesamtzahl von 24 Chromosomen und Plasmiden.

Was sind die Ähnlichkeiten zwischen HG19 und HG38?

• HG19 und HG38 sind DNA -Sequenzen.
• Beide Genome werden nach Abschluss des menschlichen Genomprojekts abgeleitet.
• Darüber hinaus wirken sie als Referenzsequenzen für das menschliche Genom.
• Beide Sequenzen wurden vom Genomreferenzkonsortium entwickelt.
• Darüber hinaus bestehen sie aus Lücken im Referenzgenom.
• Sowohl HG19 als auch HG38 haben 24 Chromosomen und Plasmide in ihrem Genom.
• Anwendungen sowohl von HG19 als auch HG38 sind in Bioinformatik und phylogenetischen Analysen weit verbreitet.

Was ist der Unterschied zwischen HG19 und HG38?

Das HG19 -Referenzgenom hat 7 Regionen mit alternativen Loci, während das HG38 -Referenzgenom 207 Regionen mit alternativen Loci hat. Dies ist daher der Schlüsselunterschied zwischen HG19 und HG38. Während das HG19 -Referenzgenom 2009 entwickelt wurde, wurde das HG38 -Referenzgenom im Jahr 2017 entwickelt. Darüber hinaus gibt es 271 Lücken zwischen Gerüsten im HG19 -Genom, während das HG38 -Genom 349 Lücken hat.

Die folgende Infografik zeigt die Unterschiede zwischen HG19 und HG38 in tabellarischer Form für den Nebenseitigen Vergleich.

Zusammenfassung -HG19 gegen HG38

HG19 und HG38 sind menschliche Referenzgenome, die vom Genomreferenzkonsortium entwickelt wurden. Sie sind wichtig für menschliche Mapping -Gene, um bioinformatische und phylogenetische Analysen abzuschließen. Das HG19 -Referenzgenom hat 7 Regionen mit alternativen Loci. Das HG38 -Referenzgenom hat 207 Regionen mit alternativen Loci. Das HG19 -Referenzgenom wurde 2009 entwickelt, während das HG38 -Referenzgenom 2017 entwickelt wurde. Die Anzahl der Lücken zwischen Gerüsten jedes Referenzgenoms unterscheidet sich auch unterscheidet. In dieser Hinsicht hat HG38 mehr Lücken, in denen erweiterte Eigenschaften gezeigt werden. Dies fasst den Unterschied zwischen HG19 und HG38 zusammen.

Referenz:

1. Caetano-Anolles, Derek. „Human Genom Referenz baut - GRCH38 oder HG38 - B37.”Gatk.
2. Nurk, Sergey et al. „Die vollständige Sequenz eines menschlichen Genoms.BioRxiv, Cold Spring Harbor Laboratory.
3. “GRCH37 - HG19 - Genom - Assemblierung - NCBI.Nationales Zentrum für Biotechnologieinformationen, u.S. Nationalbibliothek für Medizin.
4. “GRCH38 - HG38 - Genom - Assemblierung - NCBI.Nationales Zentrum für Biotechnologieinformationen, u.S. Nationalbibliothek für Medizin.

Bild mit freundlicher Genehmigung:

1. „Integrierter Genombrowser 9.1.0 zeigt Chromosom 1 der menschlichen Genom -Assemblierung Hg38 ”von Aloraine - eigene Arbeit (CC BY -SA 4.0) über Commons Wikimedia