Unterschied zwischen Explosion und Fasta

Der Schlüsselunterschied Zwischen Explosion und Fasta ist das The Blast ist ein grundlegendes Ausrichtungstool, das auf der Website des National Center for Biotechnology Information verfügbar ist, während Fasta ein Ähnlichkeitssuchwerkzeug ist, das auf der Website des Europäischen Bioinformatik -Instituts verfügbar ist.

Blast und Fasta sind zwei Software, die häufig verwendet werden, um biologische Sequenzen von DNA, Aminosäuren, Proteinen und Nukleotiden verschiedener Spezies zu vergleichen und nach ihren Ähnlichkeiten zu suchen. Diese Algorithmen wurden geschrieben, die Geschwindigkeit berücksichtigen. Denn wenn Wissenschaftler Mitte der 1980er Jahre DNA im Labor isolieren konnten, musste identische Gene für weitere Forschungen mit hoher Geschwindigkeit vergleichen und gefunden werden. Daher wurden diese beiden Software so entwickelt, dass der Benutzer eine schnelle Suche nach ähnlichen Sequenzen mit denen ihrer Abfragesequenzen durchführen kann.

Blast ist ein Akronym für Grundlegendes lokales Ausrichtungs -Suchwerkzeug und verwendet den lokalisierten Ansatz, um die beiden Sequenzen zu vergleichen. Fasta ist eine Software, die sich auf Fast A bezieht, wo ein für alle steht. Hier arbeitet die Software mit Alphabeten wie Fast A für DNA -Sequenzierung und Fast P für Protein. Sowohl Blast als auch Fasta vergleichen sehr schnell jede Genomdatenbank und sind daher sowohl monetär als auch sehr lebensfähig sowie in der Sparenzeit.

INHALT

1. Überblick und wichtiger Unterschied
2. Was ist Explosion
3. Was ist Fasta
4. Ähnlichkeiten zwischen Explosion und Fasta
5. Seite an Seite Vergleich - Blast vs Fasta in tabellarischer Form
6. Zusammenfassung

Was ist Explosion?

Blast ist eine der am häufigsten verwendeten Bioinformatik-Software, die 1990 entwickelt wurde.  Seitdem steht es allen auf der NCBI -Website zur Verfügung. Darüber hinaus kann jede Person auf diese Software zugreifen und sie verwenden. Darüber hinaus ist Blast eine Software, die Eingabedaten oder Sequenzen im Fasta -Format benötigt. Es gibt jedoch Ausgabedaten im Klartext-, HTML- oder XML -Format. Blast arbeitet nach einem Prinzip der Suche nach lokalisierten Ähnlichkeiten zwischen zwei Sequenzen und Kurzfilmen in den ähnlichen Sequenzen. Danach sucht es nach Ähnlichkeiten in der Nachbarschaft nach Nachbarschaft.

Abbildung 01: Explosionsergebnisse

Somit sucht diese Software nach einer hohen Anzahl ähnlicher lokaler Regionen und liefert das Ergebnis zum Erreichen eines Schwellenwerts. Dieser Prozess unterscheidet sich jedoch von der früheren Software, die zuerst die gesamte Sequenz durchsucht und dann den Vergleich durchführt und daher viel Zeit in Anspruch genommen hat.

Abgesehen von der obigen Ähnlichkeitsprüfung hat Blast viele andere Verwendungen wie die DNA -Mapping, die zwei identische Gene in verschiedenen Arten verglichen, wodurch ein phylogenetischer Baum erzeugt wird usw.

Was ist Fasta?

Fasta ist eine Proteinsequenz -Alignment -Software. David J. Lipman und William R. Pearson beschrieb diese Software 1985. Obwohl die anfängliche Verwendung dieser Software nur die Proteinsequenzen vergleichen sollte, konnte die modifizierte Version auch DNA -Sequenzen vergleichen. Hier verwendet diese Software das Prinzip, die Ähnlichkeit zwischen zwei Sequenzen statistisch zu finden. Es entspricht einer Sequenz der DNA oder des Proteins mit einer anderen Sequenz nach lokaler Sequenzausrichtungsmethode.

Abbildung 02: Fasta

Es sucht jedoch nach lokalen Regionen nach Ähnlichkeit, jedoch nicht nach der besten Übereinstimmung zwischen zwei Sequenzen. Da diese Software manchmal lokalisierte Ähnlichkeiten vergleicht, kann sie auch Fehlanpassungen finden. In einer Sequenz nimmt Fasta einen kleinen Teil, der als K-Tupel bekannt ist, wo die Tupel von 1 bis 6 sein können und mit den K-Tupeln der anderen Sequenz übereinstimmt. Am Ende des Übereinstimmungsprozesses erzeugt es das Ergebnis, wenn es einen Schwellenwert erreicht.

Was sind die Ähnlichkeiten zwischen Explosion und Fasta?

• Blast und Fasta sind Bioinformatik -Tools, die zum Vergleich von Protein- und DNA -Sequenzen für Ähnlichkeiten verwendet werden.
• Außerdem verwenden beide Programme eine Bewertungsstrategie, um Vergleiche zwischen den Sequenzen durchzuführen.
• Darüber hinaus führen beide Tools zu sehr genauen Ergebnissen.

Was ist der Unterschied zwischen Explosion und Fasta?

Blast ist ein Werkzeug, um die Ähnlichkeit zwischen biologischen Sequenzen zu überprüfen. Auf der anderen Seite ist Fasta ein weiteres Programm, das die Ähnlichkeitsprüfung von Protein- und DNA -Sequenzen erleichtert. Im Vergleich zu Fasta ist die Blast -Software jedoch sehr beliebt, da sie genauere und Fast -Ergebnisse erzielt wird. Daher ist dies der Unterschied zwischen Explosion und Fasta. Darüber hinaus ist das BLAST -Programm im Gegensatz zu Fasta gemäß den Bedürfnissen des Benutzers verändert. Daher ist dies ein weiterer Unterschied zwischen Explosion und Fasta.

Die folgende Infografik zum Unterschied zwischen Explosion und Fasta liefert mehr Details.

Zusammenfassung -Blast gegen Fasta

Blast und Fasta sind zwei Programme, mit denen der Benutzer seine Abfragesequenz mit den Sequenzen in den vorhandenen Datenbanken vergleichen und die Ähnlichkeiten überprüfen kann. Der ursprüngliche Zweck von Fasta bestand darin, nur Proteinsequenzen zu vergleichen. Die modifizierte Version dieser Software erleichtert jedoch sowohl Protein- als auch DNA -Sequenzvergleiche. Obwohl Fasta eine gute Software ist, verwenden die meisten Menschen das Explosion -Alignment -Tool, da es beliebter ist und genauere und Fast -Ergebnisse erzielt als Fasta. Außerdem ist das BLAST -Tool gemäß den Benutzeranforderungen verändert. Kurz gesagt, dies fasst den Unterschied zwischen Explosion und Fasta zusammen.

Referenz:

1.Madden, Thomas. „Das Tool für die BLAST -Sequenzanalyse.Aktuelle Berichte für Neurologie und Neurowissenschaften., U.S. Nationalbibliothek für Medizin, 15. März. 2013. Hier verfügbar 

Bild mit freundlicher Genehmigung:

1.”CCDC132 BLAST -Ergebnisse“ von NCBI Blast - NCBI Blast, (Public Domain) über Commons Wikimedia  
2.”FAM149A Promoter Region (FASTA -Format)” von Larsongcd - eigene Arbeit, (CC BY -SA 3.0) über Commons Wikimedia