Unterschied zwischen hierarchischer und ganzer Genom -Schrotflintensequenzierung

Der Schlüsselunterschied Zwischen hierarchischer und ganzer Genom -Schrotflintensequenzierung ist das In der hierarchischen Schrotflintensequenzierung wird das Genom vor der Sequenzierung in größere Fragmente unterteilt, während in der Ganz -Genom -Schrotflintensequenzierung das gesamte Genom zur Sequenzierung in kleine Fragmente unterteilt wird.

Die Sequenzierung ist eine wichtige Technik in molekularen Prozessen, insbesondere bei der genauen Identifizierung von Spezies. Tatsächlich ist es die Technik, die genaue Reihenfolge von Nukleotiden in einem Gen oder einem Genom zu identifizieren. Es gibt viele Techniken für die Sequenzierung. Einige davon umfassen die Maxam Gilbert -Methode, die Sanger -Methode und die automatisierte Sanger -Methode.

INHALT

1. Überblick und wichtiger Unterschied
2. Was ist hierarchische Schrotflintensequenzierung
3. Was ist die Ganze -Genom -Schrotflintensequenzierung
4. Ähnlichkeiten zwischen hierarchischer und ganzer Genom -Schrotflintensequenzierung
5. Seite für Seitenvergleich - hierarchische und Ganzes Genom -Schrotflintensequenzierung in tabellarischer Form
6. Zusammenfassung

Was ist hierarchische Schrotflintensequenzierung?

Hierarchische Schrotflintensequenzierung ist eine Sequenzmethode. Es wird auch als "Top-Down-Sequenzierung" bezeichnet. Darüber hinaus besteht diese Methode aus zwei Schritten: Der erste Schritt ist die Genomverstärkung und der zweite Schritt ist die Genomfragmentierung. Bei dieser Methode wird das Genom zuerst in große Fragmente geschert. Es folgt das Klonen dieser großen Fragmente in verschiedene Wirte mit Vektoren oder künstlichen Chromosomen. Dann werden diese rekombinanten Vektoren in eine Bibliothek angeordnet. Während der Schrotflintensequenzierung werden die rekombinanten Vektorklone einzeln sequenzieren. Die Fragmente in den Klonen unterziehen sich zur Einschränkung der Verdauung.

Abbildung 01: hierarchische Schrotflintensequenzierung

Während der hierarchischen Schrotflintensequenzierung müssen die großen Fragmentenbrocken vor der Schrotflintensequenzierung in Ordnung angeordnet werden. Es findet mit Hilfe der molekularen Marker statt, die während des Klonierungsprozesses eingebaut sind.

Hierarchische Schrotflintensequenzierung erzeugt eine Gen-Auflösungs-Genkarte. Aber es erstellt eine geordnete Sequenzkarte. Somit dauert es länger als direkte Sequenzierung. Der gesamte Prozess verzögert sich aufgrund der Erstellung einer rekombinanten Vektorbibliothek. Ist es auch eine arbeitsintensive Technik. Derzeit ist die Technik jedoch automatisiert, um die Arbeit zu lindern.

Was ist die Ganze -Genom -Schrotflintensequenzierung?

Ganzes Genom -Schrotflintensequenzierung ist ein einzelner Schritt -Sequenzierungsprozess. In diesem Prozess findet das gesamte Genomschur zuerst statt. Anschließend wird jeder dieser kleinen Fragmente zufällig sequenziert. Nach Abschluss der Sequenzierung findet die Sequenzenanalyse statt. Während der Sequenzanalyse werden die überlappenden Sequenzen entfernt und die Analyse ist kein geordneter Prozess. Daher ist die Anordnung von Sequenzen im Vergleich zur hierarchischen Schrotflintensequenzierung ein weniger effizienter Prozess. Der Prozess der Schrotflintensequenzierung des gesamten Genoms ist jedoch schneller, und die Analyse des gesamten Genoms kann in einer einzigen Instanz stattfinden.

Was sind die Ähnlichkeiten zwischen hierarchischer und ganzer Genom -Schrotflintensequenzierung?

• Hierarchische und ganze Genom -Schrotflintensequenzierung sind zwei Sequenzierungsansätze.
• Beide unterziehen sich Sanger -Sequenzierung oder automatisierte Sanger -Sequenzierungsmethoden.
• Sie sind an der Sequenzierung von DNA- und RNA -Fragmenten beteiligt.
• Darüber hinaus sind beide Methoden für molekulare Diagnostik- und Forschungszwecke wichtig.
• Gegenwärtig sind beide Techniken automatisiert oder computergestützt.
• Beide Techniken stützen sich auf die Fragmentierung des Genoms.

Was ist der Unterschied zwischen hierarchischer und ganzer Genom -Schrotflintensequenzierung?

Die hierarchische Schrotflintensequenzierung erzeugt im Vergleich zur Schrotflintensequenzierung des gesamten Genoms, die mit kleinen Fragmenten von Sequenzen funktioniert. Dies ist also der Schlüsselunterschied zwischen hierarchischer und ganzer Genom -Schrotflintensequenzierung. Außerdem besteht die hierarchische Schrotgun-Sequenz.

Ein weiterer Unterschied zwischen hierarchischer und ganzer Genom-Schrotflintensequenzierung besteht darin, dass die Auflösung in der Schrotflintensequenzierung des gesamten Genoms im Vergleich zur hierarchischen Schrotflintensequenzierung höher ist.

Die folgende Infografik fasst den Unterschied zwischen hierarchischer und ganzer Genom -Schrotflintensequenzierung zusammen.

Zusammenfassung -hierarchische gegen die gesamte Genom -Schrotflintensequenzierung

Hierarchische und Ganz-Genom-Schrotflintensequenzierung sind zwei Techniken zur Sequenz großer Genome. Die hierarchische Schrotflintensequenz ist ein zweistufiger Sequenzierungsprozess, bei dem das Genom in größere Fragmente unterteilt ist. Im Gegensatz dazu ist die Schrotflintensequenzierung des gesamten Genoms eine einzelne Schrittsequenzierung, bei der das Genom in kleine Fragmente unterteilt und direkt sequenziert wird. Dies ist daher der Schlüsselunterschied zwischen hierarchischer und ganzer Genom -Schrotflintensequenzierung. Darüber hinaus können die technischen Aspekte zwischen den beiden Techniken variieren.

Referenz:

1. Waterston, Robert H. et al. „Bei der Sequenzierung des menschlichen Genoms.Verfahren der Nationalen Akademie der Wissenschaften der Vereinigten Staaten von Amerika, der Nationalen Akademie der Wissenschaften, 19. März. 2002, hier erhältlich.
2. Kumpel, Shital. „Genomsequenzierung.”LinkedIn Slideshare, 4. November. 2014, hier erhältlich.

Bild mit freundlicher Genehmigung:

1. "Ganzes Genom -Schrotflintensequenzierung versus hierarchische Schrotflintensequenzierung" von Commins, J., Toft, c., Tarife, m. A. - „Computerbiologische Methoden und ihre Anwendung auf die vergleichende Genomik endozellulärer symbiotischer Bakterien von Insekten.”Biol. Verfahren online (2009). Zugriff über Springerimages (CC BY-SA 2.5) über Commons Wikimedia