Unterschied zwischen Nick -Translation und Primer -Erweiterung

Schlüsselunterschied - Nick Translation vs Primer -Erweiterung
 

Nick -Translation und Primer -Erweiterung sind zwei wichtige Techniken, die in der molekularen Biologie durchgeführt werden. Der Schlüsselunterschied zwischen Nick -Translation und Primer -Erweiterung ist das Nick Translationsprozess erzeugt markierte Sonden für andere Hybridisierungstechniken während Die Primer -Erweiterungsmethode identifiziert eine spezifische RNA -Sequenz aus einer Mischung und zeigt Informationen über die Expression von mRNA. Beide Techniken haben eine große Bedeutung und werden routinemäßig in molekularen Forschungslabors durchgeführt.

INHALT
1. Überblick und wichtiger Unterschied
2. Was ist Nick -Übersetzung
3. Was ist Primer -Erweiterung
4. Seite an Seitenvergleich - Nick Translation vs Primer -Erweiterung
5. Zusammenfassung

Was ist Nick -Übersetzung?

Nick Translation ist eine wichtige Technik, mit der markierte Sonden für verschiedene molekulare biologische Techniken wie das Blotting hergestellt wurden, vor Ort Hybridisierung, fluoreszierend vor Ort Hybridisierung usw. Es ist ein in vitro Methode der DNA -Markierung. DNA -Sonden werden verwendet, um spezifische DNA- oder RNA -Sequenzen zu identifizieren. Mit Hilfe einer markierten Sonde können bestimmte Fragmente aus einer komplexen Mischung aus Nukleinsäure gekennzeichnet oder sichtbar werden. Daher werden markierte Sonden unter Verwendung verschiedener Techniken hergestellt, die für verschiedene Techniken verwendet werden sollen. Die Nick -Translation ist eine solche Methode, die mit Hilfe der DNase 1- und DNA -Polymerase -1 -Enzyme markierte Sonden erzeugt.

Der Nick -Translationsprozess beginnt mit der DNase 1 -Enzymaktivität. DNase 1 führt Kerben in das Phosphat -Rückgrat der doppelt gestrandeten DNA ein, indem sie Phosphodiesterbindungen zwischen Nukleotiden spalten. Sobald der Nick erstellt wurde, wird frei 3' -OH. 5 'bis 3' Exonuklease -Aktivität der DNA -Polymerase 1 entfernt Nukleotide vom Nick in Richtung 3 'Richtung des DNA -Strangs. Gleichzeitig funktioniert die Polymeraseaktivität des DNA -Polymerase -1 -Enzyms und fügt Nukleotide hinzu, um die entfernten Nukleotide zu ersetzen. Wenn die Nukleotide markiert wurden, tritt der Ersatz durch die markierten Nukleotide auf und markiert die DNA zur Identifizierung. Diese neu synthetisierte markierte DNA kann als Sonden in verschiedenen Hybridisierungsreaktionen in der molekularen Biologie verwendet werden.

Abbildung 01: Nick -Übersetzungsprozess

Was ist Primer -Erweiterung?

Die Primer -Erweiterung ist eine Technik, mit der spezifische RNA -Sequenz aus einem RNA -Gemisch ermittelt und das 5' -Ende des mRNA -Transkripts lokalisiert werden kann. Es wird auch verwendet, um die Struktur von RNA und Expression zu untersuchen. Die Primer -Erweiterungsmethode wird mit markierten Primern oder mit markierten Nukleotiden durchgeführt. Wenn markierte Primer verwendet werden, schließt es die Notwendigkeit aus, die Nukleotide zu markieren, die für die Synthese von cDNA verwendet werden. Diese Technik gibt es mehrere Schritte. Es beginnt mit der Extraktion von RNA aus der Probe. Dann wird der Mischung ein markierter Oligonukleotidprimer zusammen mit den notwendigen Inhaltsstoffen hinzugefügt, um die cDNA einer spezifischen RNA -Sequenz zu synthetisieren. Primer tempert mit der komplementären Sequenz aus der Mischung. Unter Verwendung der Primer -amlosed Sequenz als Template synthetisiert das Enzym -Reverse -Transkriptase die komplementäre DNA (cDNA) der RNA -Sequenz. Primer -Annealing und Reverse -Transkription treten nur dann auf, wenn die spezifische RNA -Sequenz in der Probe vorhanden ist. Schließlich kann die Größe der RNA -Sequenz bestimmt werden, wenn die Denaturiergelelektrophorese durchgeführt wird. Es ist auch leicht, die +1 -Basis der mRNA -Sequenz (Transkriptionsinitiationsstelle) nach der Primer -Erweiterungsmethode zu finden. Die in der Probe vorhandene mRNA -Menge kann nach dieser Methode quantifiziert werden, wenn überschüssiger Primer verwendet wird.

Abbildung 02: Primer -Erweiterung

Was ist der Unterschied zwischen Nick -Translation und Primer -Erweiterung?

Zusammenfassung -Nick -Übersetzung gegen Primer -Erweiterung

Nick Translation ist eine Methode, mit der markierte Sonden basierend auf den Aktivitäten von DNase 1 und synthetisiert werden E coli DNA -Polymerase 1 -Enzyme. Es ist ein in vitro Methode verwendet in den Labors vor verschiedenen Hybridisierungstechniken. Während der Nick-Translation beseitigt die 5'-3 'Exonuklease-Aktivität der DNA-Polymerase 1 Nukleotide vor der Nick- und Polymeraseaktivität von DNA-Polymerase 1 die entfernten Nukleotide durch markierte Nukleotide hinter dem Nick. Die Primer -Erweiterung ist eine Methode, mit der ein bestimmtes RNA -Transkript aus einer Mischung nachgewiesen und die Größe und die Menge der Zins -RNA quantifiziert werden kann. Dies ist der Unterschied zwischen Nick -Translation und Primer -Erweiterung.

Verweise
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4. Raymond et al. „Einfacher, quantitativer Primer-Extension-PCR-Assay zur direkten Überwachung von microRNAs und kurzfristigen RNAs.”RNA. Copyright 2005 von RNA Society, Nov. 2005. Netz. 19 Apr. 2017

Bild mit freundlicher Genehmigung:
1. "Primer -Erweiterungs -Assay" von Jjnmmnjj - eigene Arbeit (CC BY -SA 3.0) über Commons Wikimedia